AETRAC está integrada en la Confederación Española de Transporte de Mercancías (CETM), que es la mayor organización empresarial de transporte de Europa. Forma parte de los órganos de gobierno de la Confederación Nacional de Empresarios de Transporte de Mercancías por Carretera (CONETRANS), de la Confederación Nacional de Empresas de Transporte en Frío (CETM-Frigoríficos), de la Federación Española de Agencias de Transporte (FEDAT), de la Federación Española de Empresas de Mudanzas (FEDEM),  y de la Confederación Española de Formación de Transporte y Logística (CEFTRAL).

Asimismo, pertenece a la Confederación Española de Organizaciones Empresariales (CEOE-CEPYME), que representa al colectivo empresarial de la Comunidad Autónoma de Cantabria.